microbe

細菌やウイルス、真菌など、肉眼では見えないほど極めて小さな生物の総称です。科学的な文脈で使われる言葉であり、単に小さい生き物を指すのではなく、顕微鏡を用いて観察される微生物全般を包括する概念です。

意味上のニュアンスと使い分け
microbe は生物学的な分類を問わず、微小な生物をまとめて指す際に非常に便利です。一方で、より日常的な会話や特定の病原体を指す場合は bacteria（細菌）や germs（病原菌）という言葉が好まれます。特に germs は、子供に対してバイキンと教える際や、不衛生な状態を強調して菌がついていると言う際に使われる、より口語的でネガティブな響きを持つ言葉です。

microbe は科学的な総称として用いられます。
bacteria は特定の生物群を指します。
germs は不衛生さや病原性を強調する際に使われます。

注意すべき点
日本語の微生物という言葉は、プランクトンのような比較的大きなものまで含むことがありますが、英語の microbe は基本的に単細胞生物やウイルスなどの極小サイズに限定されます。また、この単語は不可算名詞としても可算名詞としても扱われますが、特定の種類の微生物について述べる場合は可算名詞として複数形 microbes にすることが一般的です。